开源版21.4如何修改header和footer

底部的应用栏可以看下 module/index/ui/index.html.php 文件，里面有个 setID('appsBar') ；

顶部的菜单栏，可以参考18系列增加菜单的方式：https://www.zentao.net/book/api/1164.html

当然也可以在浏览器中F12打开开发者工具，通过查看对应元素的id，在禅道代码中进行定位。

二开的相关资料：

二次开发机制：http://www.zentao.net/book/zentaopmshelp/225.html

二次开发简介：https://www.zentao.net/book/extension-dev/custom-dev-1319.html

禅道的目录结构：http://www.zentao.net/book/zentaopmshelp/155.html

如何查找要修改的文件：http://www.zentao.net/book/zentaopmshelp/156.html

我的意思是，顶部的菜单栏我想隐藏掉，但是我没有找到在哪里写的？也是在index.html.php中吗？

这个需要您跟踪一下代码了，可以看一下 lib/zin/wg/modulemenu/v1.php 文件。目前20系列很多前端功能已经提炼为组件放到这里，可以跟踪调试一下。