可以参考下linux一键包，部署第二套。

1、备份当前zbox包，可以直接拷贝一份进行备份。
2、下载第二套禅道的对应版本的源码包（注意是源码包），解压到 /opt/zbox/app/htdocs/下面 得到 /opt/zbox/app/htdocs/zentaopms/ 目录。
3、修改/opt/zbox/app/htdocs/zentaopms/config/config.php 中的 sid 改成 zid。
4、修改/opt/zbox/app/htdocs/zentaopms/www/.ztaccess 第8行中间部分 /zentao/index.php/$1 改成 /zentaopms/www/index.php/$1
5、修改/opt/zbox/etc/apache/httpd.conf 把83行 SetHandler text/plain 改成 SetHandler application/x-httpd-php，重启下服务
6、网页访问 ip:端口/zentaopms/www/install.php 按照提示进行安装。注意数据库要和之前数据库名称不同（之前禅道默认用的数据库是zentao 或者 zentaopro）。