这里应该是由于使用了一个第三方作者idoop制作的镜像，升级脚本中的逻辑有一些问题导致zentao运行目录丢失。可以参考这个手册使用禅道官方镜像安装后，再迁移数据试一下：http://www.zentao.net/book/zentaopmshelp/405.html

禅道迁移数据需要在同版本中进行，如果版本不同可以在官网下载源码包，将znetaopms/www目录想的upgrade.php文件放到对应目录下，访问该文件进行升级。